病虫害防治也是人工栽培的一大难题。灵芝在生长过程中容易受到各种病菌和害虫的侵害，而使用化学农药防治虽然有效，但可能会残留农药，影响灵芝的品质和安全性。寻找一种绿色、环保、有效的病虫害防治方法，是科研人员亟待解决的问题。

此外，人工栽培灵芝的品质与野生灵芝相比，还存在一定差距。野生灵芝在自然环境中生长缓慢，积累了更多的营养成分和活性物质。如何通过优化栽培技术，提高人工栽培灵芝的品质，使其接近或达到野生灵芝的水平，是人工栽培领域的重要研究方向。