随着研究课题的增多，10003部队还与国内有关单位开展大协作。鼎盛时期，参与其总体研究工作的有多达近百所高校和科研所。为适应新形势，该部队于1997年改为特管局，从此身价大增。部队长萨文也被晋升为陆军少将。

10003部队的结局

冷战结束后，尽管俄美领导人在许多问题上依然存在严重分歧，但有一点却是共同的，他们一致认为，世界上大规模战争时代已经过去了。

在这种形势下，10003部队的地位与作用便逐渐下降，至2003年底最终被撤销。据说，其理由是部队已经顺利完成所赋予的任务。