号称木星之眼的大红斑每时每刻都在发生一些显著和奇特的变化，这些变化主要集中在颜色，大小和轨道方向方面。大红门的颜色一直都保持为深褐色，造成这种现象的主要原因是大红斑气流物质中具有大量的红磷化物，虽然颜色本身并没有太大的显著区别，但是大红斑的内部色彩结构都会随着风暴活动以及时间的加长而发生一系列变化。

木星大红斑在过去的几十年里不断的缩小，经过科学家的研究发现，大红斑的尺寸已经有明显的减小，最大的长度曾经达到地球直径的3倍左右，但是如减今的大红斑已经缩到地球直径的1.3倍，这种缩小的趋势甚至能够反映出木星大气层中的复杂动力学。